Les traitements biologiques sont principalement utilisés pour éliminer les matières solubles. Pour les traitements biologiques, NANTAISE DES EAUX INGÉNIERIE utilise différents types de procédés :

Culture libre

• Boues activées (traditionnel ou SBR)
  
  • Aération de surface
  • Aération de fond
  • Insufflation d'air

Culture fixée

• Biodisques
• Lits bactériens

Séparation de phases par décantation, flottation, filtration membranaire